香山分子育种基地位于东经116度28分，北纬39度48分，海拔76米，地处北京市海淀区香山南辛村20号研究所的植物园区内，总占地面积约130亩，其中有水田29亩、旱田100亩，是植物所产权、规划科研用地，基础设施道路、供电与配电系统、供水管线、排水沟渠、安全监控与安全围挡墙设施系统完善。

科研设施包括两座共计1472平米的作物抗旱实验设施用地（旱棚），一座528平米农机棚与接种棚、田间作物表型检测平台及自行研制的1036平米功能性数码农场，用于苜蓿、高粱、燕麦和玉米等饲草作物标准化种植，结合种养数据采集、环境监测数据采集及水肥一体化喷施，实现饲草作物核心种质资源田间数据收集与科学管理。

开展的研究: 苜蓿耐逆功能基因的筛选；燕麦优质品种培育；高粱产量性状的解析；玉米花粉耐高温分子模块解析与新品种培育；苜蓿耐寒分子元件解析；甜高粱茎秆持汁性基因功能和分子调控网络研究；山桐子树种质资源筛选与培育；大气污染对杨树碳水循环的影响等多项科学研究。