海南分子育种基地位于海南省陵水县椰木镇勤丰村长水洋（国家南繁育种基地“安马洋”配套服务区），地处海南省的东南部岭南“百越”之地，北纬18度，吊罗山下、陵水河畔、南海之滨，素有“珍珠海岸”的美誉。西濒南海，南邻三亚，北毗万宁，地理位置优越，离三亚凤凰国际机场80公里，海口美兰机场180公里，有环岛高铁直通陵水，交通便利。

基地建设与完善得到中国科学院战略性科技先导专项（A类）“分子模块设计育种创新体系”、“种子精准设计与创造”等项目支持，设立专职基地站长负责基地管理，目前对中国科学院单位的研究组开放共享。现有试验用地100亩、设施规划完善，区块化管理；科研设施楼包括：宿舍、实验室、种子储藏室、农具室等930平方米。

开展的研究：标准化种植和繁育苜蓿、燕麦、水稻等表型鉴定核心种质材料，鉴定育种表型，表型性状数据采集，气象数据收集等内容。为数字化种质资源库，智能育种大数据平台，核心种子育种网络提供数据支撑。